الفرق الجوهري هو أن التعقيم يقتل جميع أشكال الحياة الميكروبية بما فيها الأبواغ (تطهير مطلق) ويستخدم للأدوات الطبية الحرجة، بينما التطهير يقلل عدد الميكروبات إلى مستويات آمنة ويقضي على معظم مسببات الأمراض، لكنه قد لا يقتل جميع الأبواغ الجرثومية، ويستخدم للأسطح والأدوات غير الحيوية.
